Le Y40 étend la prise en charge du GPU à 4 emplacements complets avec un espace supplémentaire de circulation d'air entre le bord de la carte et le verre. Un ventilateur d'admission sous le capot de l'alimentation fournit de l'air frais vers le haut pour améliorer encore davantage le refroidissement du GPU.

Un auvent de câble riser protecteur s'intègre parfaitement dans le boîtier, permettant aux cartes PCIE demi-hauteur de se positionner derrière le trône de la carte graphique verticale.

Le Y40 est livré avec 2 ventilateurs de 120 mm préinstallés, un sous le plancher et un à l’arrière. Le support latéral peut s’adapter à un radiateur jusqu’à 280 mm avec une épaisseur combinée allant jusqu’à 120 mm, ce qui permet d’utiliser de grands radiateurs de 60 mm + pour des configurations de boucle personnalisées, et le support supérieur peut s’adapter à un radiateur jusqu’à 360 mm pour les configurations à double radiateur. Le Y40 prend également en charge les grands refroidisseurs d’air de plus de 180 mm de hauteur, ce qui permet d’utiliser presque tous les refroidisseurs de processeur du marché.